Di samping memiliki kurikulum perpaduan antara DIKNAS dan Diniyah pada jam belajar pagi (pukul 07.00 – 15.00 WIB), MBS juga mempunyai program – program kepesantrenan yang diberlakukan di luar jam sekolah. Secara umum, program – program ini merupakan hasil olahan bagian kemahadan dan para asatidz / ustadzat di pembinaan yang selanjutnya diserahkan kepada organisasi santri untuk dimodifikasi dan dilakukan inovasi. Tentunya, dengan adanya program – program kepesantrenan yang rapi dan terukur ini, MBS menjadi lebih baik. Berikut rinciannya :

1. Program Harian
   • Tahfidz dan Tahsin Al – Qur’an
     1. Tahsin
     2. Tahfidz
   • Pengayaan Mufrodat dan Bilingual Area
   • Puasa Sunnah Senin – kamis, Tahajjud (qiyamullail) dan Dhuha
2. Program mingguan
   • Ekstrakurikuler
   • Khitobah Asghar
   • Penugasan khotib jum’at dan pengajar TPA/TPQ di sekitar pesantren
3. Program bulanan
   • Khitobah Akbar (1 bulan)
   • Lomba – lomba
4. Program tahunan
   • Amal Bakti Santri (ABAS)
   • Dakwah santri (DS)
   • Kemah Santri
   • Ujian kenaikan tingkat tapak suci
   • Pentas seni dan kreativitas santri (event – event tertentu)
   • Pembekalan life skill
5. MBS Ramah dan Bermasyartakat
   • Bhakti sosial dan penyaluran dana pendidikan
   • Penyaluran zakat fitrah
   • Penyembelihan dan penyaluran hewan qurban
   • Penyelenggaraan khitanan massal
   • Beasiswa pendidikan untuk warga kurang mampu dan anak yatim
6. Pembiasaan budaya santri
   • Upacara setiap hari sabtu dengan 3 bahasa (Bahasa Indonesia, Bahasa Arab, dan Bahasa Inggris) secara berurutan/bergantian setiap sabtu
   • Apel pagi setiap hari sebelum bel masuk
   • Berdoa dan dzikir sebelum dan sesudah pelajaran
   • Sholat fardhu berjamaah
   • Sholat dhuha
   • Puasa senin dan kamis
   • Tadarus rutin
   • Memberi dan menjawab salam
   • Membuang sampah di tempat sampah
   • Budaya antri
   • Berpakaian rapi dan menutup aurat
   • Datang tepat waktu
   • Bersalaman dengan guru jika bertemu
   • Berkata sopan dan lembut
   • Membiasakan berbahasa Inggris dan Arabic dalam percakapan sehari – hari (yang sudah dilaksanakan baru sebatas lokal tertentu)
   • Dzikir dan doa bersama sebelum tidur